Jacksonville University menawarkan lebih dari 100 jurusan, anak di bawah umur, dan program di tingkat sarjana, serta 23 program magister dan doktoral, yang mengarah ke M.S., M.A., M.A.T., dan Master of Business Administration, Doctor of Occupational Therapy (OTD), dan Doktor Praktik Keperawatan (DNP).

Universitas ini dibagi menjadi lima perguruan tinggi: Sekolah Tinggi Seni dan Sains, Sekolah Tinggi Bisnis & Teknologi Davis, Sekolah Tinggi Seni Rupa & Humaniora, Sekolah Tinggi Hukum, dan Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Rehabilitasi Brooks. Selain lima kolese, universitas ini juga terdiri dari tiga institut: Institut Penelitian Ilmu Kelautan, Institut Kebijakan Publik, dan Institut STEAM.